En 2122. Le Nostromo, vaisseau de commerce, fait route vers la Terre avec à son bord un équipage de sept personnes en hibernation et une cargaison de minerais. Il interrompt soudain sa course suite à la réception d'un mystérieux message provenant d'une planète inexplorée. Réveillé par l'ordinateur de bord, l'équipage se rend sur place et découvre les restes d'un gigantesque vaisseau extraterrestre dont le seul passager semble être mort dans d'étranges circonstances...

Un mystérieux signal est lance de l'espace. Sur Terre, dans le désert d'Arizona, des fourmis noires d'une espèce inconnue attaquent les humains. Au cours de ses observations en Arizona, l'entomologiste Ernest D. Hubbs est intrigué par une variété inconnue de fourmis noires, qui élimine un à un ses prédateurs. Un phénomène contre-nature qu'il décide d'étudier avec la collaboration de son assistant, James Lesko, spécialiste du langage animal. Tous deux installent sur place un laboratoire ultramoderne et entament une série d'expériences, non sans avoir évacué la région. Mais un couple de vieillards, les Eldridge, refuse d'abandonner la ferme qu'il occupe avec sa petite fille, Kendra...