200 ans dans le futur, la Terre est devenue invivable en raison de la pollution, des guerres et conflits politiques en tous genres. De plus, une nouvelle épidémie contamine à chaque nouvelle naissance les enfants qui souvent meurent en atteignant l'âge de neuf ans. Une théorie précise que cette maladie est due à l'absence de nature et par conséquent des microbes bénéfiques à l'organisme.La mission, appelée « Projet Eden », a pour but d'explorer une nouvelle planète située à 22 années-lumière de la Terre et de préparer l'arrivée de nouveaux colons, notamment des familles avec des malades.Mais après un voyage de 22 années, leur vaisseau s'écrase en dispersant sur la planète tous les containers utiles à la création (vivres, matériaux de transport, médicaments, matériel de communication... ) de la nouvelle colonie, New Pacifica. Commence alors pour les survivants un long périple dans un monde inconnu peuplé de créatures mystérieuses.

La série met en scène les aventures du vaisseau USS Voyager commandé par une femme, la capitaine Kathryn Janeway. Cette dernière a été, au cours d'une mission, précipitée par une entité nommée le Pourvoyeur dans le Quadrant Delta, à l'autre bout de la galaxie, à environ 75 000 années-lumière de la Terre. La capitaine s'efforcera de trouver un moyen de ramener sur Terre son vaisseau mais le voyage de retour prend théoriquement 75 ans à vitesse maximale, elle trouvera donc des moyens de le raccourcir. L'épopée est très intéressante puisque l'équipage est confronté à toute sorte d'espèces hostiles ou non, la plupart post-distorsion.