300 ans après notre ère, la Terre vit meurtrie des blessures causées par l'inconscience de l'homme. Le monde est désormais dominé par la toute puissance des esprits de la forêt qui infligent à l'humanité leur colère pour les souffrances passées.Dans ce nouveau monde, co-existent deux cités : Ragna, qui oeuvre pour le retour de la civilisation, et la Cité Neutre, qui prône l'harmonie avec la forêt.Mais le destin s'en mêle lorsque Agito réveille par hasard Toola, une jeune fille du temps passé, conservée mystérieusement dans un sanctuaire interdit. Le fragile équilibre qui régente cette Terre est à nouveau menacé par l'apparition de celle à qui le passé a confié une mission : Toola.

Un pouvoir mystérieux transporte Gintoki dans un avenir où il n'existe pas. Il se retrouve là dans les rues d'une Edo en ruine. Les seuls gens étant restés sur la Terre désolée sont les pauvres, les Jouishishi qui tentent d'anéantir le gouvernement, les voyous qui profitent du relâchement de la loi, et ceux qui ont obstinément refusé de fuir alors que la fin approchait. Alors qu'il erre, Gintoki rencontre deux jeunes gens. Un jeune homme à lunettes portant un sabre de bois marqué « Lac Touya », réglant son compte à une bande de voyous, puis une jeune femme portant des habits chinois aux mêmes motifs que les siens, accompagnée d'un chien gigantesque : ce sont Shinpachi et Kagura devenus adultes. Il découvre alors petit à petit cet avenir radicalement différent ainsi que la choquante vérité.